Ο Δήμος Στυλίδας οργανώνεται ως προς το φυσικό περιβάλλον σε τρεις ζώνες, την παράκτια, την ενδοχώρα και την ορεινή. Στην παράκτια ζώνη και την ενδοχώρα είναι συγκεντρωμένοι οι περισσότεροι οικισμοί του Δήμου και σχεδόν το σύνολο των δραστηριοτήτων.

Η περιοχή περιλαμβάνει τμήματα προστατευόμενων περιοχών NATURA 2000. Συγκεκριμένα περιλαμβάνει τμήματα των περιοχών:

Το σύστημα Σπερχειός – Μαλιακός έχει ιδιαίτερη οικολογική αξία και για το λόγο αυτό έχει συμπεριληφθεί στον Εθνικό Κατάλογο Natura 2000. Για την εν λόγω περιοχή, έχει εκπονηθεί Ειδικό Διαχειριστικό Σχέδιο (Ελληνικό Κέντρο Βιοτόπων – Υγροτόπων (ΕΚΒΥ), 1996) και έχει συνταχθεί Σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος, στο οποίο καθορίζονται ζώνες προστασίας, απαγορευτικοί όροι και επιτρεπόμενες δράσεις, εντός αυτών. Επιπλέον, εντός της ευρύτερης περιοχής του οικοσυστήματος “Σπερχειός ποταμός – Μαλιακός κόλπος” απαντάται μία περιοχή στον πυρήνα του Δέλτα του Σπερχειού που χαρακτηρίζεται ως Ζώνη Ειδικής Προστασίας “Υγρότοπος Εκβολών (Δέλτα) Σπερχειού” (GR 2440005), μία περιοχή που ανήκει στον Ευρωπαϊκό κατάλογο περιοχών ιδιαίτερης οικολογικής αξίας που καταρτίσθηκε στα πλαίσια του χρηματοδοτούμενου από την Ευρωπαϊκή Ένωση προγράμματος CORINE, καθώς και μία Σημαντική Περιοχή για τα πουλιά (IBA).

Εντός της Δ.Ε. Πελασγίας η περιοχή που βρίσκεται στα βορειοανατολικά του οικισμού Μύλοι είναι χαρακτηρισμένη ως Καταφύγιο Άγριας Ζωής με κωδικό Κ 310 και ονομασία «Ταράτσα – Αετοφωλιά – Πελασγία – Μύλοι». Υπάγεται στο Δασαρχείο Λαμίας, της Διεύθυνσης Δασών Φθιώτιδας και κηρύχθηκε Καταφύγιο Άγριας Ζωής με το ΦΕΚ 155/Β/2-3-89. 

Στην ίδια Δ.Ε. οι σημαντικότερες θέσεις που εντοπίζονται είναι:

• Περιοχή Παραλίας Πελασγίας: Βιότοπος λίμνη Σουβάλας (ή Σβάλας). Τροφοδοτείται με νερό από τον ασβεστολιθικό όγκο που βρίσκεται στα νότια. Έχει ανοιχτεί δίοδος προς τη θάλασσα ενώ έχει τεχνητά ανυψωθεί τμήμα της. Τα τελευταία χρόνια η λίμνη δέχεται αλλοιώσεις, κυρίως από το παράνομο κυνήγι.
• Περιοχή Μύλων: Τοπίο ιδιαιτέρου φυσικού κάλλους είναι το Κεφαλόβρυσο όπου υπάρχει η ομώνυμη πηγή επαφής. Οι παρεμβάσεις στην περιοχή (γεφύρια, τοιχία, τσιμεντοστρώσεις) είναι πολλές και χρειάζεται να προσαρμοσθούν στο περιβάλλον.